evolution einer abbildung oder: wieso einfach, wenn’s kompliziert einfacher ist

ich bin am skizzieren einer publikation, meine masterarbeit des nachdiplomstudiums soll zu einem richtigen paper werden.

dafür braucht es natürlich abbildungen, um das ganze ein wenig anschaulich zu machen. ich habe währen meiner masterarbeit eine methode entwickelt, wie das sichtfeld von – höchstauflösender – tomographie so erweitert werden kann, dass der benutzer die wahl zwischen einer schnellen aufnahme mit ok-qualität und einer aufnahme in höchster qualität, dafür dauert das dann aber länger. das ganze wird erreicht, indem die tomographie-aufnahmen speziell zusammengestellt werden. je nach position der probe müss eine unterschiedliche anzahl aufnahmen gemacht werden. ist auch nicht extrem wichtig, ich wollte einfach mal aus dem nähkästchen plaudern, und zeigen, was ich heute nami im büro gemacht habe.

während der masterarbeit am PSI habe ich unter linux xfig als zwar altmodisches, aber extrem potentes zeichenprogramm kennengelernt. meine erste idee war deshalb, die abbildung mithilfe von jfig zu erstellen, einer java-implementation von jfig, die auch per webstart ohne installation gestartet werden kann [1].

diese idee wurde dann kurz nach diesem ergebnis abgebrochen, weil’s einfach zu kompliziert wurde mit dem zeichnen der verschiedenen projektionen in verschiedenen winkeln…

(der klick auf die screenshots macht’s gross)


evolution.jfig.png

als nächstes kam dann eines meiner lieblings-vektor-zeichen-programme zum zug; inkscape. ein zeichen-programm, das auch viel kann. dadurch, dass sich jedes objekt in der grösse manipulieren lässt und dass winkel händisch eingegeben werden können, habe ich gedacht, sei das bildli schnell gezeichnet. nachdem ich dann meinen taschenrechner mit cosinus und sinus gequält habe, und das bild immer noch nicht wirklich gut aussah, habe ich aufgegeben. immerhin sieht das bild schon ein bisschen besser aus als oben und dank der guten export-funktion würde die abbildung im end-dokument auch gut aussehen.


evolution.inkscape.png

irgendwann kam dann der geistesblitz: am einfachsten wäre es wohl, das ganze statt in 2D mühsam zu zeichnen, schnell in 3D als szene zu erstellen, damit’s mit allen winkeln und ansichten stimmt. also mal blender installiert, nachdem dies durch einen befreundeten roboter empfohlen wurde [2]. blender ist ein 3D-programm, das extrem viel kann, wie mensch in der galerie sehen kann. wem elephants dream oder big buck bunny ein begriff sind, weiss, dass mit blender auch filme gemacht werden können, sinnfreie (8MB) oder auch extrem eindrückliche (58MB!).

nachdem die ersten schritte dank des ungewohnten interfaces von blender sehr wackelig waren, konnte ich nach etwa einer halben stunde ein bild machen, an dem ich morgen weiterarbeiten kann. das licht und die schatten müssen noch korrigiert werden, und ob ich das bild in ein vektor-format exportieren kann, weiss ich auch noch nicht. sonst rendere ich den aufbau der projektionen einfach in HD, dann merkts keiner, wenn ich’s runterskaliere. und an den farben arbeite ich auch noch…


evolution.blender.png

manchmal lohnt es sich also, einen komplizierten umweg zu gehen, auch wenn der weg nicht unbedingt das ziel ist.einfach so, damit ihr wisst, was ich den ganzen tag so im büro mache…

[1]: übrigens ist webstart meine lieblingsvariante zum starten von jabref und imageJ auf allen möglichen systemen…
[2]: der nebst firmen führen auch noch filme generiert, dies aber dann in maya und nicht mit blender…

that’s how my heart beats

whoever follows me on identi.ca (or on facebook for that matter) knows that i’ve spent a noon lying in a tight and noisy tube. at the inselspital they’re always looking for gunia pigs for mri-studies, and i’ve been there (for the second time now). the reward you get afterwards is a dvd with the images of your bodypart they imaged, the last time it was my head, now – since they’re working on spectroscopy of the heart muscle – i got images of my beating heart and my torso.

and since there is a wonderful free dicom-viewer for the apple platform, osirix, i’ve tried to make some nice videos of my inner workings. so without much further ado, here’s the videos:

my beating heart, axial view:


my heart - axial view

my beating heart, sagittal view:


my heart - sagittal view

a little fly-around of my torso:


my torso - rotating

all the images have been made with double triggering, once a trigger for breathing, to compensate for the motion of the internal organs, and on top of that with a trigger on the heart-beats, to actally be able to image a full beating sequence of my heart. the funny thing is, that the people that performed the study had to ask me to breathe a bit faster, since one imaging cycle took them so long :)

oh, and BTW: here’s one video and one view of my head. whoever tells my the reason that a piece on the back of my skull is missing wins a price.

softwaretipp für’s iphone

gottago.pnggottago [1], ein projekt von codesofa.com und liip.ch ist eine ausgefuchste software für das neue iphone, welche dank der location-awareness des iphone den momentanen aufenthaltsort rausfinden kann [2] und dies direkt mit einer fahrplanabfrage der sbb verbinden verbindet.

das alleine ist schon mal ein killer-feature für diese auch schön gemachte applikation, aber dass ich in zukunft nicht mehr die etwas mühsame mobile seite der sbb aufrufen muss, ist natürlich auch super. denn eine fahrplanabfrage gestaltet sich mit gottago viel schneller und auch schöner. jedem auch nur manchmal-zugfahrer mit iphone im sack sei das stück software wärmstens ans herz gelegt!

bravo!

auf dem liip-blog hat’s noch ein paar mehr informationen dazu und auch ein nettes filmli, das die integration der google-maps applikation zeigt.

[via fscklog]

[1]: der link führt direkt in den itunes appstore

[2]: das funktioniert mit der neuen firmware auch bei meinem “alten” ohne gps wunderprächtig. die position ist dann halt einfach der momentan eingebuchte mobilfunkmast, aber bei öv-haltestellen sind das ja problemlose distanzen.

masterarbeit @ psi

einerseits ist es gut, dass am ende ziemlich genau das rauskommt, was mann in den ersten wochen simuliert hat, andererseits ist es auch ein bisschen frustrierend, dass sich zwei monate nachdiplomstudiums-masterarbeit zum thema wide-field-tomographie so in etwa mit untenstehendem screenshot zusammenfassen lassen. das bild zeigt den fehlerbalken von verschiedenen tomographischen messprotokollen verglichen zum sogenannten gold-standard, einer messung, die mit maximaler auflösung erfolgte. im plot entspricht dies dem protokoll b. protokolle e und f haben den vorteil, dass der user die messung in 50 bis 30% der zeit machen kann, ohne grosse einbussen der qualität zu haben. zu beachten ist übrigens die systemzeit, der screenshot stammt von letztem freitag abend, nach der rückkehr vom fanzonenbesuch, nachdem mein macbook pro den ganzen nachmittag per ssh und x-server mit dem rechner im psi verbunden war, und brav gearbeitet hat, während ich mich vergnügt habe…

masterarbeit.png

zumindest habe ich gelernt, mit MATLAB umzugehen und ein spannendes projekt bearbeiten können, bei dem auch etwas für die user (z.B. auch mich) der TOMCAT-beamline an der SLS herausschaut, dazu aber später mehr, ich muss meine arbeit ja schliesslich auch erst schreiben. wenn’s dann soweit ist, werde ich das endprodukt sicher hier verlinken, falls es jemanden denn wirklich so brennend interessiert.

chm, der ist für dich!

chm, da du meines wissens der einzige regelmässige leser meines blogs bist, der (auch) ein iphone besitzt [1], ist dieser eintrag vor allem (auch) für dich. ich hab’ soeben den WPtouch-plugin installiert, damit mein blog auf dem iPhone und dem iPod touch nett dargestellt wird. sieht nett aus, oder?

für alle, die iphoney nicht installieren wollen, so sieht’s die aktuelle webseite auf dem iPhone aus:

wptouch1.jpg wptouch2.jpg

[1]: neopren-sigi vielleicht ja auch, aber dich kann mann ja nicht verlinken…



Homework: Bioglass as space filling bone substitute

as i’ve said, i had to hand in a homework this friday. the assignment was to design a small experiment to study a problem in different fields of biocompatible materials. if you’re interested, you can read the 5 pages pdf (147kb) in the “publications”-folder here: 2008-bioglass. the document is released under an Attribution-Noncommercial 2.5 Switzerland-license, so feel free to share and remix is as you wish.

hochmoderne Krankenkasse [with video] [update]

das will mann hochmodern mit seiner krankenkasse kontakt aufnehmen (nachdem deren website mit safari nicht läuft…) und klickt auf den lustigen skype-me-böttön, der da angeboten wird, um mal zu schauen, ob kurz vor ostern noch jemand dort arbeitet. und ist dann doch ein bisschen erstaunt, wer unter der nummer avanex-agent01 [1] antwortet… aber seht, bzw. hört selbst!

sorry für das geklickere, die marginale lautstärke und für das gekräschel am anfang, ist ein bisschen ein schnellschuss gewesen, aber ich wollt nicht noch extra audiohijackpro installieren…

[1]: wer’s selber hören will und skype installiert hat, klickt auf diesen link.

update: die krankenkasse hat auf meine email-anfrage reagiert und auch gemeint, dass der skype-button korrigiert wird, evtl. geht das nicht mehr…

wanderung gemmi – kandersteg [with map]

dieses wochenende bin ich am samstag bei wolkenverhangenem himmel von kandersteg auf die gemmi gewandert und am sonntag bei wunderschönem wetter wieder retour. am samstag hat das wintec-kästli probleme gemacht, deshalb habe ich nur am sonntag aufgenommen, wo wir durch-geschneeschuht sind. den aufgenommenen track findet ihr unten, die dazugehörigen fotos im flickr-set wanderung kandersteg – gemmipass [1], dank gps-track natürlich auch mit korrekter lokalisation der fotos auf der karte.

[1]: die panorama-fotos sind noch nicht hochgeladen, werden aber im flickr-set auftauchen, wenn ich sie gemacht habe…

blgmdybrn recap

dabei waren:

dannie

hymnos

kusito

chm

rouge

andi

rasmus99

die kreide

– ich

gesprochen wurde über vieles, unter anderem über ketchup-varietäten, open access, latex, google docs und referenzen (dannie: bibdesk, jabref und connotea), pendler, wissenschaft und medizin, bergsteigen und gleitschirmfliegen, going solo, e-governement, matthias’ verschwinden, neptun der eth, das macbook air, youtube-flugzeuge, blip.tv-ftp-upload, iphone-gerüchte, tintensaufen, video-podcast-player, der vorteil von audio- gegenüber video-podcasts und noch viel anderes.

bis zum nächsten mal!

fotos evtl. hier, hier oder hier.

good copy, bad copy

jan linked to it ages ago, yesterday evening i finally found the time to watch the “documentary about the current state of copyright and culture”, quite a good movie where dj danger mouse, lawrence lessig and many more are interviewed.
the movie sheds light on different ways of putting a copyright on movies/music and the like and is definitely worth your time. watch the full movie (59′) below (tip to the hat to blip.tv) or download it via bittorent here

(Eigen)lob stinkt

Die letzten beiden Woche war ich ziemlich beschäftigt, erst ein Poster gezeigt, am CIMST-Symposium, dann ein zweiwöchiger Blockkurs an der ETH, gestern das 2nd Graduate School Students’ Symposium, wo ich das Poster nochmals gezeigt habe, dann heute morgen Abschluss des Blockkurses in Zürich und direkt anschliessend daran einen Vortrag vor dem Institut, am sogenannten Tag der Anatomie. Da ist es doch schön zu hören, wenn einer der Zuhörenden anschliessend sagt: “You’ve got amazing presentation skills”.

Ich schieb das auch zu einem Teil auf Apples Keynote, dass es einem ermöglicht, relativ einfach eindrucksvolle Präsentationen zu erstellen. Aber seht selber:

Das ist ein Export meines Vortages von heute nachmittag auf scivee.tv, (so quasi ein wissenschaftliches youtube…). Der ganze Vortrag ist von einer ursprünglichen Länge von 15 Minuten komprimiert auf knapp unter 2 Minuten, aber trotzdem kann mann so sehen, für was ich den ganzen Tag in den Sessel furze… Scivee ist übrigens ein extrem nettes Ding, da kann mann viele neue Sachen lernen und als Service bietet es einige wichtige Features mehr als slideshare.net

CIMST-Symposium

I am a hard bloggin' scientist. Read the Manifesto.the last few days were quite busy at work: i’m doing a block-course in “Biomaterials” at the ETHZ, starting today, so there was quite some catching up to do, and I also wanted to present a poster at the CIMST-Symposium which takes place during the first two days of this blockcourse. next week I have another symposium and a talk in front of the whole institute covering the work I did in the last year. this means that I some quite long days, but the results so far are worth it.
today I presented a poster [1] at the symposium which will serve me well at the symposium next week. since you’ve seen the poster already, you might also see it in full glory: Click the image below to see the poster (368kb .pdf) that I didn’t manage to print on A0 until the third attempt.

CIMST-Poster.jpg

(And no, it’s not in full glory, but I don’t think that you want to download a 13Mb pdf…)
You might have seen that it links to a new section on my website: habi.gna.ch/publications. I want to try and post some more scientific stuff in future, including attempts of fraud and other funny stuff like automated paper generation. stay tuned!
[1] the schooled eye might recognize it’s LaTeX-roots: MacTex runs like a charm on Leopard, and sciposter is very powerful!

skifahren auf der bettmeralp [with map]

am sonntag bei traumwetter mal durch den neuen tunnel gefahren, erstaunt gewesen, wie schnell mensch plötzlich in brig ist und einen wunderbaren tag auf der bettmeralp verbracht.

viel schnee, dadurch anstrengende pisten und beim mittagessen auf dem bettmerhorn lustige alte bekannte getroffen, so sollte ein tag sein.

mein kilometerpreis war ziemlich genau halb so viel wie bei this, nämlich ca. 45 rappen, dies vor allem dank dem extrem billigen studenten-snow’n’rail zu einem preis von 31.-, weniger wegen der hohen geschwindigkeit (im schnitt knapp 24km/h, maximal 65km/h, siehe unten)…

ps: kusito, tut mir leid, wenn dich die ladezeiten meiner seite mit den karten nerven, aber mir gefallen halt die strichli in der landschaft. falls du’s schnell anschauen willst, hat’s hier ein bild davon.

mein kurier-nami am 18. dezember 2007 [with map]

eine woche später habe ich nochmals einen ferientag bezogen, bin ich nochmals auf velo gesessen, dabei herausgekommt ist wieder ein netter, 64km langer track durch bern, mit einem ausflug nach münchenbuchsee, zu sehen hier unten.

tastentest II

so langsam werd’ ich zum journalisten: heute ist mein zweiter artikel in einer tageszeitung erschienen. für die BZ hab ich zum zweiten mal in die tasten gehauen, und einen tastentest zu meinem gps-logger verfasst. wer die BZ heute nicht auf toten bäumen gelesen hat, kann den artikel hier in bits und bytes-form auf der espace-seite nachlesen

ach und übrigens: meine geo-plazierten fotos sind auf flickr.com/maps zu finden.

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8-ung! [update]

falls es in den nächsten stunden hier ein bisschen komisch zu und her gehen sollte, ich bin am updaten….

update (gelungen): wordpress 2.3 scheint nun problemlos zu laufen, falls jemandem in der nächsten zeit etwas komisches auffällt, bitte kurz ein mail an mich (siehe oben rechts..)

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