habi

Working dad, born at 333 ppm. Generic geek and ex-messenger with a PhD in ultrahigh resolution tomography. I love the outdoors, my bikes, swimming, taking photos and much more.

Meilenstein erreicht [Update]

Seit letztem Mittwoch habe ich meinen Doktortitel [1]. Die Kulmination meiner Arbeit zur höchstaufgelösten Röntgentomographie zur Untersuchung der Lungenentwicklung am Institut für Anatomie fand letzten Mittwoch statt. Im altehrwürdigen alten Hörsaal am Institut habe ich meine Arbeit verteidigt. Mein Vortrag, in dem ich versucht habe, die Arbeit der vergangenen 3.75 Jahre zusammenzufassen ist untendran zu sehen.

Nach dem Vortrag wurde mein Titel mit einem fetten Apero gefeiert, mersi allen Freunden, die mitgefeiert haben. Und mersi meiner Liebsten, die grossartige Leckereien zubereitet hat!

Untenstehend ist meine 137seitige Doktorarbeit eingebettet [2]. Die Diss selbst habe ich auf meiner Arbeits-Homepage archiviert, wenn wirklich Interesse daran besteht, kann ich gerne auch ein PDF davon zusenden, beim obigen Link hat’s einen Direkt-Klick-Email-Link…
Weil ein wissenschaftliches Paper, welches einen Drittel des Resultate-Teils ausmacht, erst im September im Journal of Synchrotron Radiation erscheinen wird, kann ich die Arbeit noch nicht öffentlich zum Runterladen bereitstellen., ein PDF kann direkt dort runtergeladen werden (Das Paper wurde endgültig akzeptiert und ist nun korrekt zitierbar).

In der näheren Zukunft (bis Ende Jahr) werde ich als sog. Post-Doc weiter am Institut für Anatomie arbeiten, wo’s mich ab dann hinverschlägt, weiss ich noch nicht. Wir werden sehen, zuerst steht mal Sommer geniessen auf der 2do-Liste…

[1]: wie mensch evtl. schon am einen oder andern ort lesen konnte…
[2]: this, mit txtr können die hochgeladenen texte auch anderswo eingebunden werden…

Kulturtipp der Woche: Loutop ATTACHE

076.JPGHeute Abend war ich auf der Münsterplattform und habe ein wunderbares Tanzstück der Compagnie Loutop gesehen.

ATTACHE vereint poetische Ideen, artistische Ausführung, Tanzkunst und zeitgenössiche elektronische Klänge zu einem spannend zuzusehenden Abend. Wer morgen oder übermorgen Abend nicht 22 rumrennenden Typen zuschauen (Fussball wird eh überbewertet), sondern Kultur geniessen will, reserviert sich Tickets oder schaut vor 20.30 Uhr auf der Pläfe vorbei. Ich finde, es lohnt sich! Falls hier auch Nicht-Berner mitlesen; Loutop tourt durch die Schweiz, Frankreich, Italien und Holland, siehe hier.

Das Bild zu diesem Beitrag stammt aus der Download-Ecke von Loutop.

Codevisualisierung mit Gource – So arbeitete ich an meiner Diss

Meine Diss ist auf der Post, im Moment heissts nur noch warten, was die beiden Korrigierenden dazu meinen. Anschliessend gibt’s noch einiges zu tun bis Ende Juni, wenn ich meinen Diss-Vortrag halten muss. Aber im Moment hab’ ich etwas mehr Zeit zum rumspielen.

Genau das habe ich gestern gemacht. Als Typo-Nerd habe ich meine Diss in LaTeX geschrieben und den Fortschritt zusätzlich in einem Subversion-Repository festgehalten. Dies auch damit ich jederzeit zu einer älteren Version zurückwechseln könnte, wäre es denn nötig gewesen. Kürzlich bin ich über die faszinierenden Code-Visualisierungen gestossen, die mit Gource gemacht werden können. Wenn mann versucht, meine Arbeit an meiner Diss zu visualisieren, sieht das dann so aus:

Da für das Ganze doch einiges an rumprobieren notwendig war (und weil vielleicht andere das auch versuchen wollen: This, der Blick geht zu dir, ich nehme an, du hast für deine Semesterarbeit sicher auch irgendwie versioniert :))

Die Installation von Gource ist unter OS X dank MacPorts [1] schnell erledigt: Ein Aufruf des untenstehenden Befehls in Terminal.app installiert das Commandline-Programm mit allen Zugehörigkeiten.

sudo port install gource

Falls du auf deiner Maschine Git und ffmpeg [2] noch nicht installiert hast, dann machst du das Ganze in einem Aufwasch am besten mit

sudo port install git ffmpeg gource

Je nach Aktualität deiner MacPorts-Installation braucht’s vorher evtl. noch ein “sudo port selfupdate”, damit alles klappt. Am besten machst du dir jetzt ein Kafi oder so, das Ganze kann längere Zeit dauern.

Anschliessend gibts du in einem leeren Verzeichnis (immernoch im Terminal) den Befehl

git svn clone http://svn.ana.unibe.ch/svn/Thesis-David

ein. Dies hat zur Folge, dass via Git ein Subversion-Repository (keine Angst, das Repository ist nur innerhalb der Uni Bern erreichbar :) ) ausgecheckt wird. Gource arbeitet nur mit Git-Repositories zusammen, was aber dank “git svn clone” problemlos klappt.

Das oben eingebundene Filmli habe ich dann mit

cd Thesis-David

gource -1280×720 –disable-progress –stop-at-end –bloom-multiplier 1.25 –bloom-intensity 1 -a 0.25 –output-ppm-stream – | ffmpeg -y -b 3000K -r 60 -f image2pipe -vcodec ppm -i – -vcodec libx264 -vpre default Thesis.mp4

erstellt. Am besten trinkst du jetzt deinen Kafi fertig, das ganze kann wieder etwas dauern. Obiger Befehl berechnet das Filmli mit Gource in HD-Auflösung (-1280×720), ohne Progress-Bar, hört am Ende auf, ändert die Darstellung etwas (-bloom-multiplier, -bloom-intensity und -a) und schreibt das ganze in einen PPM-Stream. Dieser Stream wird dann mit ffmpeg direkt in das Filmli Thesis.mp4 umgewandelt. Hochladen zu vimeo, fertig!

[1]: MacPorts ist sowieso uneingeschränkt zu empfehlen, jegliche Opensource-Software lässt sich so extrem einfach installieren.

[2]: Dringend nachholen, am besten auch gerade noch ImageMagick, dann konvertierst du easy Bilder und Videos…

PS1: Hat jemand gemerkt, dass ich diesen Eintrag dank Gratis-WLAN in Atlanta, Georgia, USA geschrieben habe? Ich bin 10 Tage in den USA, benehmt euch also!

PS2: Das war wohl der bisher nerdigste Beitrag ever hier!

Zeitraffer: Rund um Bern [Video]

Mann nehme:

Zubereitung:

Das iPhone sauber am Velo befestigen, je nach Regenerwartungs-Haltung noch mit Arschlochfolie einpacken.

Sieht so aus:
Bild0082.jpg

Gorillacam starten und so einstellen, dass alle 10 Sekunden eine Aufnahme gemacht wird.

Losfahren, z.B. diese Tour rund um Bern:

Fotos vom iPhone runterladen.
Staunen, dass nach einer Stunde die Batterie leer war und drum kurz nach Allmendingen kein Foto mehr gemacht wurde.

Fotos in Quicktime importieren, 6 Bilder pro Sekunde, so dass eine Stunde Velofahrt auf eine Minute eingekocht wird.
Hochladen, einbinden, verbloggen.

Und fertig ist das Samschti-Nami-Velofährtli-Zeitraffer-Filmli.

Schwefelquelle | 31 min | 11 m | 8° [Video]

Am Sonntag haben wir Herr Omlins Partyboot gechartert und sind von Hilterfingen nach Ersigen über den See getuckert. Nach kurzem Briefing abgetaucht und die bekannte Schwefelquelle schnell gefunden. Dabei ist folgender Film entstanden, das Tauchgangsprofil ist hier zu finden.

Herzlichen Dank an Herrn Skooba für die Kamera-Leihgabe. Ich freue mich, wenn mein Exemplar per Post kommt und hoffe, Ninas Flossenschlag hat keine Beule ins Gehäuse gemacht…

south park explains facebook [update]

dieser kurze southpark-schnipsel erklärt in 48 sekunden, wieso ich meinen facebook-account gelöscht habe.
und nur damit das klar ist; nina und papi, es geht nicht um euch :)

update: andi macht mich darauf aufmerksam, dass der clip nicht mehr auf youtube zu finden ist. deshalb ist jetzt der clip direkt von southpark.de eingebunden, da sollten keinen probleme mit copyright entstehen.

17 minuten krieg [update]

der bugsierer linkt zu einem video, welches wirklich nur angeschaut werden soll, wenn mensch in die hässliche fratze des krieges schauen will. wirklich. echt. ansonsten lässt mensch es lieber sein und wundert sich, wieso facebook beginnt, zensur auszuüben.

ich habe mir die volle länge des videos angeschaut, und konnte zeitweilig fast nicht mehr mitlesen. die zynischen bemerkungen der besatzung des helikopters, von welchem dieses bord-kamera-video stammt, sind kaum zu ertragen.


aber wie der herr bugsierer sagt, für dieses video gibt es nicht genug kanäle. dass heisssporne in kampfhelikopter mehr als ein dutzend menschen umbringen, einen durch den angriff verwundeten reuters-reporter und seine retter ohne provokation erschiessen und dabei zwei kinder schwer verletzen tönt nach einer story aus einem schlechten film, ist aber realität in irak.
die ganze hintergrund-geschichte gibts bei collateralmurder.org, einen hintergrundbericht über die verfasserinnen des videos, wikileaks gibt’s bei spiegel online.
und denkt daran, das video ist harte kost und realität. wer’s anschaut ist hiermit nochmald gewarnt. so ist krieg.
[via henusode]

update: ein artikel von tomas avenarius im bund von gestern gibt noch eine fundierte meinung zu diesem thema ab: wer glaubt noch an den gentleman-soldaten?

Automator Actions zur Bildbearbeitung

herr chm hat kürzlich ein schönes panorama-bild von seinem balkon aus veröffentlicht, welches von mir aus gesehen ohne schwarzen rand viel besser aussehen würde. da herr chm offenbar den automator nicht kennt, habe ich hier einen kurzen screencast gemacht, wie ich dieses raffinierte feature verwende, welches von haus aus in OS X integriert ist. der screencast unten zeigt, wie einfach es ist, sich einen sogenannten service zu machen, um bilder schnell umzuwandeln:

da es sicher ein paar eilige gibt, die sich das nicht im automator nachbauen wollen, habe ich meine kleinen scripte hier hochgeladen. diese skripte müssen in ~/Library/Services/ kopiert werden, das heisst in den library-ordner in eurem home-verzeichnis, und sind dann mit einem rechtsklick auf bilder im finder zu sehen (wie im screencast oben gezeigt).

Achtung: Ich habe die services so gemacht, dass KEINE kopie der bilder erstellt/behalten wird, sondern das bild geändert wird. wem das nicht passt, bearbeitet die heruntergeladenen services vor dem kopieren in ~library/services/ mit seinem eigenen automator! die benutzung der hier zur verfügung gestellten skripte erfolgt somit auf eigene gefahr! bei falscher benutzung geht die 7 TeV-Kollision vom LHC morgen früh schief und wir landen alle in einem schwarzen loch!!1!

die skripte sind im file automatorworkflows.zip zu finden. dieses file enthält

  • convert>jpg: konvertiert das gewählte bild (oder die gewählten 100 bilder) von irgendeinem erkannten format nach .jpg
  • convert>png: macht dasselbe nach png
  • resize>1024: ändert die grösse der längsten seite des bildes auf 1024 pixel
  • resize>2048: dasselbe in grün, bzw. auf die grösse 2048 pixel
  • resize>ask: ändert die grösse auf eine pixel-anzahl, welche beim start des skriptes eingegeben werden muss
  • rotate>left: rotiert das bild (oder die 2347 bilder) einmal nach links
  • rotate>right: dasselbe nach rechts

viel spass damit, herr chm (oder wer auch immer die kleinen skripte brauchen will)

btw: für grössere bildbearbeitungs-sachen (z.B. knapp 12000 Bilder beschneiden, die grösse zu ändern oder in ein anderes format zu konvertieren) ist immernoch ImageMagick unschlagbar. dies bedingt aber immer einen umweg übers terminal und eine installation von macports und weiteren abhängigkeiten, automator ist im betriebssystem dabei.